
Wie auch die Farbe und der Glanz ist die Transparenz eines Minerals grundlegend von seiner atomaren Zusammensetzung abhängig. Bei Metallbindungen blockieren die freien Elektronen das Licht sofort an der Oberfläche (Reflexion/Absorption). Bei Nichtmetall-Mineralen bestimmen die Übergangsmetalle (Kupfer, Eisen, ...), wie viel Licht absorbiert wird und welche Farbe übrig bleibt.
Neben der chemischen Zusammensetzung spielen auch Defekte im Kristallgitter, wie Leerstellen oder Korngrenzen eine Rolle. Sie können entweder als Farbzentren zusätzliches Licht schlucken oder das Licht auf mikroskopischer Ebene ablenken.
Als letztes führen auch makroskopische Einschlüsse, wie Risse, Gasbläschen, Flüssigkeiten oder Fremdminerale im Mineral zu einer Verringerung der Transparenz, da sie das Licht diffus in alle Richtungen ablenken oder komplett blockieren können.
Die Transparenz ist in der Realität schwer zu quantifizieren und stark von der subjektiven Wahrnehmung des Betrachters abhängig. Zur Vereinfachung haben wir in der Systematik drei Stufen charakterisiert: Transparent, Transluzent und Opak.